*自动化程度高
3100提供连续、无需监控的操作，自动灌胶、上样、电泳分离、检测及数据分析，可连续运行24小时无需人工干预。
*样品分析量大
一束毛细管可同时对16个样品进行全自动分析，一天可完成数百个样品的测序或片段分析工作。
*荧光检测系统
采用光栅分光，CCD摄像机成像技术，实现多色荧光同时检测，与传统的滤镜及光电倍增管的检测方式相比，光栅及CCD的优势在于更新荧光化学时无需更换任何硬件设备。
从激光光源发出的光线被光学元件分成两股，16根毛细管被一束激光同时从两面照射，有效提高荧光检测灵敏度和均一性。
ABI Prism® 3100遗传分析仪能够完成新基因测序或比较测序工作。此外，可进行多种片段分析，包括微卫星DNA分析、比较基因型分析、单核苷酸多态性（SNP）研究。
*多色荧光同时检测